Zespół klasztorny franciszkanów w Nieszawie ma bogatą historię sięgającą XV wieku. Pierwsi franciszkanie przybyli do miasta między 1463 a 1467 rokiem, zakładając początkowo drewniany klasztor. Obecny murowany kościół, pod wezwaniem Znalezienia Krzyża Świętego, został wzniesiony w latach 1611–1635 z fundacji Wawrzyńca Śmiałka, zamożnego kupca z Nieszawy.
W XVIII wieku do kościoła dobudowano dwie kaplice, jednak w 1729 roku kompleks ucierpiał w wyniku pożaru. Kolejny pożar w 1841 roku zniszczył znaczną część zabudowań, pozostawiając jedynie prezbiterium i dwie kaplice. Odbudowa trwała dwa lata, a w 1864 roku, w wyniku represji po powstaniu styczniowym, franciszkanie zostali zmuszeni do opuszczenia klasztoru, który przekazano duchowieństwu diecezjalnemu.
Zakonnicy powrócili do Nieszawy w 1919 roku, jednak w latach 1925–1937 ponownie opuścili klasztor. Podczas II wojny światowej franciszkanie zostali aresztowani przez okupantów niemieckich, a kościół zamieniono na magazyn nawozów, co doprowadziło do zniszczenia części wyposażenia. Po wojnie, w 1945 roku, franciszkanie wrócili do klasztoru, ale w 1973 roku przekazali go diecezji włocławskiej. W latach 1973–1978 przeprowadzono gruntowny remont, po którym w budynkach klasztornych utworzono Diecezjalny Dom Rekolekcyjny im. św. Maksymiliana Kolbego.
Zespół klasztorny franciszkanów w Nieszawie, mimo burzliwej historii, pozostaje ważnym świadectwem dziedzictwa kulturowego regionu, łącząc w sobie elementy architektury gotyckiej i barokowej oraz bogate wyposażenie wnętrza.
Aktualnie Fundacja realizuje prace projektowe przygotowujące obiekt klasztoru do przyjmowania osób z niepełnosprawnościami ruchowymi. Kolejne prace polegać będą na wpisaniu budynku do rejestru Wojewody prowadzących domy opieki senioralnej. Fundacja wzięła na siebie cały ciężar prowadzenia prac restauratorskich w Kościele pw. Św. Krzyża (Znalezienia Krzyża Św.) i adaptacyjnych w klasztorze.